Для рыбоводства главным фактором является среда обитания выращиваемых объектов.
Присутствие в воде растворенных и взвешенных в ней веществ определяет условия существования гидробионтов. В свою очередь, в результате деятельности живых организмов, населяющих водоемы, изменяется химический состав воды, особенно содержание растворенных в воде газов, биогенных и органических веществ. Громадную роль в этом процессе играют микроорганизмы, разлагающие органическое вещество на более простые неорганические соединения или способствующие образованию его из неорганического вещества.
Следует отметить, что состав воды не постоянен и меняется в зависимости от времени года и суток, даже состав воды в пределах одного водоема будет меняться за счет воды притоков, перемешивания воды с разных глубин, течений и т.д.

Ветеринарно-санитарный паспорт рыбоводного хозяйства предусматривает проведение рыбохозяйственного обследования рыбопромыслового водоема, целью которого является характеристика рыбоводно-биологических свойств водоема.
Важным этапом получения ветеринарно-санитарного паспорта является проведение лабораторных исследований, которым должна подвергнуться вода и рыба . Важно отметить, что исследования проводятся не реже 2 раз в год!

Исследования включают следующие обязательные показатели:
- для рыбы: паразитарные исследования рыбы всех видов и возрастов обитающих в водоеме.
- для воды: цветность, прозрачность, кислород, рН, окисляемость, аммиак, нитриты, нитраты, углекислота, сероводород, жесткость, железо, сульфаты, хлориды, БПК - биологическое потребление кислорода, щелочность, сухой остаток.

Результаты всех проведенных исследований вносятся в ветеринарно-санитарный паспорт рыбоводного хозяйства (рыбопромыслового водоёма) по итогам чего делается заключение о пригодности водоёма для хозяйственной деятельности.

За первое полугодие 2021 года в Курганской области исследовано 208 пробы воды из водоемов Курганской области, проведено 3304 исследования, в 308 из которых установлено отклонение от нормы. Основные показатели по которым установлены несоответствия: нитриты, нитраты, аммиак, рН, сульфаты, хлориды, содержание кислорода.

В соответствии с действующим законодательством ветеринарные сопроводительные документы на рыбу, оплодотворенную икру, раков и других водных организмов выдаются на основании ветеринарно-санитарного паспорта. Для его получения пользователям рыбопромысловых водоемов необходимо обратиться в ветеринарную службу района/города на территории которого расположен водоем. Специалисты ветеринарной службы проведут эпизоотическое обследование водоема, отберут пробы и составят сопроводительный документ на основании которого будут проведены лабораторные исследования.